Fondom upravlja Upravni odbor kao najviši organ odlučivanja.
Upravni odbor izveštava Vladi preko ministra nadležnog za zdravstvo.
Upravni odbor se sastoji od pet (5) članova:
Ministar nadležan za zdravstvo ili njegov/njen predstavnik – predsedavajući;
Stručni predstavnik Ministarstva zdravlja – član;
Ministar nadležan za finansije ili njegov/njen predstavnik – član;
Stručni predstavnik ministra nadležnog za finansije – član;
Ministar nadležan za lokalnu samoupravu ili njegov/njen predstavnik – član;
Direktor Fonda učestvuje na sastancima Upravnog odbora, osim ako Upravni odbor ne odluči drugačije, i nema pravo glasa.
Sekretarijat Upravnog odbora bira Upravni odbor.
Upravni odbor angažuje domaće i međunarodne stručnjake za podršku svom radu u vezi sa specifičnim pitanjima.
Članove Upravnog odbora imenuje Vlada na osnovu predloga ministra nadležnog za zdravstvo, u skladu sa stavom 3 ovog člana, i oni imaju pravo na naknadu u skladu sa važećim zakonodavstvom.
Upravnim odborom predsedava ministar nadležan za zdravstvo ili njegov/njen predstavnik.
Upravni odbor ima sledeće zadatke i odgovornosti:
9.1. Predlaže, preko ministra nadležnog za zdravstvo, Statut Fonda na usvajanje Vladi;
9.2. Bira direktora Fonda na mandat od četiri (4) godine, na osnovu javnog konkursa;
9.3. Razrešava direktora Fonda iz razloga utvrđenih važećim zakonskim odredbama;
9.4. Nadzire delatnost i zakonitost rada Fonda;
9.5. Usvaja godišnje planove rada Fonda;
9.6. Usvaja Pravilnik o sistematizaciji radnih mesta Fonda;
9.7. Obezbeđuje transparentnost računovodstva i kontinuiranu likvidnost plaćanja;
9.8. Obezbeđuje uspostavljanje adekvatnih sistema interne kontrole u skladu sa principima upravljanja javnim finansijama u javnom sektoru;
9.9. Obezbeđuje primenu i izvršenje sveobuhvatnog okvira upravljanja rizikom za fiducijarne rizike u zdravstvenom osiguranju;
9.10. Razmatra i usvaja godišnje finansijske izveštaje, godišnje izveštaje o aktivnostima za Ministarstvo zdravlja, Ministarstvo finansija i Vladu, kao i dodatne izveštaje po potrebi.
Ostali zadaci i odgovornosti Upravnog odbora utvrđuju se Statutom Fonda.
Upravni odbor osniva tehničke komitete:
11.1. za uspostavljanje i redovno ažuriranje paketa usluga koje pokriva Fond;
