Fondi udhëhiqet nga Bordi drejtues si organi më i lartë vendimmarrës. Bordi drejtues raporton në Qeveri përmes Ministrit përgjegjës për shëndetësi. Bordi drejtues përbëhet

Qeveria e Republikës së Kosovës përmes Fondit të sigurimit të detyrueshëm të kujdesit shëndetësor ofron përkrahje financiare për shërbime shëndetësore që nuk ofrohen në institucionet